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Las pymes que no adapten sus sistemas a Verifactu se enfrentan a sanciones, bloqueos de facturación y mayores riesgos de inspección

Quipu alerta que esperar a 2026 puede salir mucho más caro que invertir ahora en la adaptación

La entrada en vigor de Verifactu, el nuevo sistema de control de facturación impulsado por la Agencia Tributaria y obligatorio a partir de 2026, llega acompañada de un riesgo creciente para las pymes que aún no han iniciado la adaptación de sus sistemas. Según datos del Barómetro Quipu 2025, más del 60% de las pequeñas empresas continúa utilizando herramientas no homologadas, lo que puede derivar en bloqueos de facturación, sanciones económicas, inspecciones adicionales y costes operativos inesperados.

“El gran error está siendo pensar que Verifactu es solo una actualización del software. No lo es. Es un cambio en cómo se genera, valida y conserva la información fiscal. Y esperar hasta el último momento puede salir mucho más caro que adaptarse ahora”, explica Roger Dobaño, CEO de Quipu, plataforma de de facturación y tesorería para pymes, autónomos y asesorías.

QUÉ PUEDE PERDER UNA PYME SI NO ADAPTA SU SISTEMA

Las pymes que no adapten sus sistemas de facturación a Verifactu se exponen a consecuencias operativas y económicas que pueden comprometer directamente la continuidad del negocio. Uno de los riesgos más inmediatos es el bloqueo en la emisión de facturas. Con la nueva normativa, los programas que no generen registros inalterables o trazables pueden impedir que la empresa emita facturas válidas, o producir documentos que la Agencia Tributaria no reconozca como conformes. Y el impacto es directo: “Si una pyme no puede emitir facturas, no puede ingresar. El bloqueo operativo es inmediato”, advierte Roger Dobaño.

A este escenario se suma el riesgo de sanciones económicas. El uso de software no conforme puede considerarse incumplimiento de la Ley Antifraude, con multas que pueden alcanzar los 50.000 euros por ejercicio, en función de la gravedad y la recurrencia. El CEO de Quipu insiste en que las consecuencias van más allá del coste financiero: “La sanción no es solo económica, sino que es reputacional y administrativa. Nadie quiere una advertencia formal de la Agencia Tributaria”.

Otra consecuencia relevante es el incremento del riesgo de inspección. Las empresas que no utilicen herramientas homologadas, o cuyos registros no sean trazables, estarán más expuestas a requerimientos adicionales y comprobaciones exhaustivas. En muchos casos, esto obliga a dedicar semanas a recopilar documentación que un software conforme generaría de forma automática. “Las empresas que cumplen desde el primer día tendrán un camino más limpio; las que no, quedarán marcadas como de mayor riesgo”, explica Roger Dobaño.

EL COSTE REAL DE NO ADAPTARSE: TIEMPO, REPROCESOS Y HORAS TÉCNICAS

El coste de no adaptarse no se limita a sanciones o inspecciones. Quipu advierte de que existe un coste oculto que muchas pymes no contemplan cuando posponen la transición. En primer lugar, está el reprocesado de facturas emitidas en sistemas no conformes, un trabajo que puede suponer entre 8 y 12 horas por trimestre.

A ello se suma un mayor gasto en soporte técnico urgente, que puede duplicar lo que costaría una implantación planificada, además de las paradas operativas mientras se revisan registros incompletos o no trazables. La falta de un histórico limpio y verificable también puede dificultar el acceso a financiación, una de las necesidades recurrentes de las pequeñas empresas.

“Una pyme que espera suele acabar pagando dos veces: primero por resolver errores y luego por implantar el sistema. Adaptarse tarde siempre es más caro que hacerlo a tiempo”, afirma Roger Dobaño.